Ve smyslu § 30 odst. 4 zákona č. 218/2000 Sb.(rozpočtová pravidla) správce rozpočtové kapitoly projednává závěrečný účet v příslušném výboru Poslanecké sněmovny před projednáváním návrhu státního závěrečného účtu Poslaneckou sněmovnou.

Dne 10. prosince 2008 schválil Parlament České republiky zákon č. 475, o státním rozpočtu České republiky na rok 2009, a v jeho rámci i rozpočet kapitoly 312 - Ministerstva financí.

 Schválený rozpočet kapitoly 312 - MF na rok  2009 obsahoval příjmy a výdaje těchto organizačních složek státu:  

• Ministerstva financí (ústřední orgán)
• územních finančních orgánů
  • Pod pojmem územní finanční orgány (ÚFO) se rozumí 207 organizačních složek státu – 8  finančních ředitelství – účetních jednotek a v jejich působnosti  199 finančních úřadů.
• Generálního ředitelství cel
  • Generální ředitelství cel (GŘC) je samostatnou organizační složkou státu, jejíž strukturu tvoří 8 celních ředitelství a 54 celních úřadů.
• Úřadu pro zastupování státu ve věcech majetkových
  • Organizační složka státu - Úřad pro zastupování státu ve věcech majetkových (ÚZSVM) vykonává svoji činnost prostřednictvím územních pracovišť, která působí v sídlech krajských soudů a v hlavním městě Praze. Územní pracoviště zároveň zastřešují pracoviště odloučená, která působí v sídlech bývalých okresních úřadů.

Ministerstvo financí je zřizovatelem jedné příspěvkové organizace – Středisko cenných papírů.