Metodický pokyn pro výkon účetní funkce 2021-2027 stanovuje závazné postupy pro řídicí orgány a pro ministerstvo financí (Auditní a Platební orgán) pro přípravu a odesílání žádostí o platbu Evropské komisi a účtů. Aktualizace Metodického pokynu byla vytvořena dle pravidel a postupů Jednotného národního rámce v programovém období 2021-2027, tzn., že byl připomínkován v rámci Pracovní skupiny Metodika. Členové Pracovní skupiny Metodika nevznesli žádné připomínky.

Aktualizovaná verze s účinnosti od 1. 12. 2026 byla provedena s ohledem na další získané zkušenosti při přípravě účtů předkládaných Evropské komisi. Změna spočívá v úpravě postupu dle čl. 98, odst. 6, písm. b) Obecného nařízení, tzn. postupu pro dočasné vyjmutí výdajů z účtů v případě kontrol/auditů, které nejsou ukončeny do konce kalendářního roku po skončení daného účetního roku.