Odbor Centrální harmonizační jednotka vydává vzorový Manuál interního auditu (dále „Manuál“) pro útvary interního auditu postupující dle zákona upravujícího řízení a kontrolu veřejných financí. 

Manuál stanoví doporučené zásady a postupy výkonu interního auditu v orgánu veřejné správy, které povedou útvar interního auditu systematickým a metodickým způsobem k naplňování strategie interního auditu, vypracování plánu interního auditu a dodržování Globálních standardů interního auditu vydaných Institutem interních auditorů (IIA) a přeložené Českým institutem interních auditorů (ČIIA).

Tento Manuál je nezávazný a představuje metodickou pomůcku, kterou orgány veřejné správy mohou využít pro vytvoření vlastního manuálu interního auditu. V případě využití této vzorové metodické příručky ke tvorbě vlastního manuálu interního auditu je vhodné vzorové části textu upravit podle specifik konkrétní organizace.

Vedle Metodického pokynu č. 6 doporučuje odbor Centrální harmonizační jednotka při nastavování a ověřování procesů interního auditu zohlednit další metodické pomůcky: Checklist – Compliance auditní zakázky, Checklist – Úplnost auditní zprávy, Checklist – Úplnost auditního spisu, Checklist – Úplnost programu auditní zakázky.

Interní audit je upraven zákonem č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě, který je účinný do 31. prosince 2026. Verze 2.0 metodického pokynu je v souladu s požadavky zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě a s požadavky vyplývajících z Globálních standardů interního auditu. Verze 2.0 nereflektuje požadavky nadcházející právní úpravy účinné od 1. ledna 2027.

S účinností od 1. ledna 2027 je zákon č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě nahrazen zákonem č. 231/2025 Sb., o řízení a kontrole ve veřejných financí. Verze 3.0 (a novější) metodického pokynu reflektuje požadavky zákona č. 231/2025 Sb., o řízení a kontrole veřejných financí. Nejnovější verze 3.1 poté pouze doplňuje metodický pokyn o přílohu č. 4 „Doporučený vzor manuálu pro jednočlenné útvary interního auditu“ a přizpůsobuje jej vzhledově jednotnému vizuálu státní správy.